甘肃省农业工程技术研究院现拥有国家检验检测机构资质认定（CMA）证书（编号：212804091245），具备土壤、肥料、植物和饲料4大类4个产品23个参数的检测能力。

全院共拥有科研仪器设备319台（套），总价值约人民币1299万元，其中30万以上大型仪器设施共14台（套），总价值为人民币646.715万元，主要有便携式光合仪、调制叶绿素荧光成像系统、多功能近红外分析仪、火焰/石墨炉原子吸收分光光度计、气相色谱质谱联运仪、全自动凯氏定氮仪、全自动总有机碳分析仪、土壤pf曲线测定仪、土壤棵间蒸发观测系统、土壤蒸散发自动测量系统、土壤呼吸测量系统、实时荧光PCR仪、电感耦合等离子体发射光谱仪等大型科研仪器，目前已全部对外开放，加入甘肃省大型科研仪器共享平台，实现共享。